Por sus características físicas y naturales, este territorio presenta una gran superficie de espacios naturales y un paisaje de gran valor ambiental, que cuenta con distintas figuras de protección que llegan a abarcar casi el 40% de la superficie de ambas comarcas, principalmente en alta y media montaña. Este dato permite hacerse una idea de la riqueza del patrimonio natural de este territorio y del buen estado de conservación de su hábitat.

Algunas de las principales figuras de protección son el Parque Natural de Los Valles Occidentales, el Paisaje Protegido de San Juan de la Peña y Monte Oroel, el Parque Natural de la Sierra y Cañones de Guara y el Paisaje Protegido de las Foces de Fago y Biniés. También encontramos Monumentos Naturales como el de los glaciares pirenaicos y está en nuestra zona de influencia el Parque Nacional de Ordesa y Monte Perdido, uno de los más antiguos de España, declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.

Dentro de la Red Natura 2000 y en base a la Ley 42/2007, de 13 de diciembre, del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, en el territorio se encuentran definidos hasta 36 LIC,s (Lugares de Interés Comunitario), que con un total de 126.000ha ocupan el 39% de la superficie territorial y 21 ZEPA,s (Zonas de Especial Protección de Aves, que engloban una superficie superior a las 78.400ha, un 21% de la superficie territorial (para la conservación de aves como el quebrantahuesos, urogallo pirenaico y buitre leonado).